Lo que conocemos por hacer la digestión sucede en el estómago y dura entre dos y cuatro horas. En el estómago se vierten grandes cantidades de jugo gástrico, para que con su fuerte acidez consiga desnaturalizar las proteínas que aún estuvieran y matar las bacterias. También se segrega la enzima pepsina, que se encargará de dividir las proteínas ya desnaturalizadas en cadenas más cortas de sus aminoácidos constituyentes. La digestión en el estómago puede variar entre 2-4 horas y la temperatura se eleva por encima de los 40 grados.
La barrera ácida del estómago consigue matar a la mayoría de las bacterias que comemos. Si nuestra comida consigue diluir el ácido del estómago, por ejemplo con la ingesta de muchos líquidos o de alimentos que neutralicen el ácido, habrá un pequeño porcentaje de bacterias que sean capaces de resistir este proceso y llegar a el intestino delgado. Hay bacterias como Helicobacter pylori que vive comodamente en este ambiente ácido.
La mayor parte de la digestión ocurre en los intestinos, especialmente en el grueso. En el intestino delgado el alimento se sigue descomponiendo, que es donde el páncreas produce unas secreciones que lo dejan con el grado de acidez necesario para que las diferentes enzimas actúen sobre él y puedan fraccionar las proteínas que no habían podido ser digeridas con la pepsina del estómago. La digestión en el intestino delgado dura de 1-4 horas.
Esta mezcla pasa al intestino grueso, donde existe gran cantidad de bacterias y protozoos que constituyen la flora intestinal, que segregarán enzimas digestivas muy potentes que atacarán a los polisacáridos de la fibra. Todo esto, junto con el agua y las sales minerales, serán absorbidos formando excrementos, que se expulsarán a través del ano. La digestión en el intestino grueso puede durar de 10 horas a varios días. ¿Pueden ser estas variaciones de tiempo tan grande en el recorrido del alimento en el intestino grueso importantes en la gran variabilidad entre la flora bacteriana entre individuos?
